sábado, 5 de febrero de 2022

NOMENCLATURA DE LOS MICROORGANISMOS. 👀🔬🧫

 El hablar de nombre y género de los microorganismos, lleva inmediatamente al concepto de taxonomía.  La taxonomía corresponde, según Forbes (2009), a un área de la Biología que abarca tres disciplinas interrelacionadas,  las que incluyen la clasificación, la nomenclatura y la identificación de los organismos.

La taxonomía otorga un idioma común mediante la nomenclatura, el cual permite unificar el nombre de los microorganismos (y el resto de los organismos).

Se conocen alrededor de 11 mil  especies de microorganismos  de un billón de especies estimadas en la Tierra (Fuentes, 20202), sin la  taxonomía sería imposible tener un sistema de clasificación, denominación e identificación de estos.

El padre de la Taxonomía es Carl Von Linné. Como señala  Osorio (2021), Linneo fue quien clasificó los entes naturales en tres grandes reinos, reino animal, reino vegetal y reino mineral; incorporando a los “animalículos” en la clasificación  universal de los seres vivos y vislumbró  que podían ser agentes causales de enfermedad.

Cada uno de nosotros es identificado por un nombre propio, que consta de un nombre de pila y el primer apellido. Es así que para nombrar a los microorganismos, la nomenclatura establece una serie de reglas y normas, proporcionando nombres que son aceptados por la comunidad científica y por los cuales los microorganismos  son reconocidos en todo el mundo.

De acuerdo con Forbes (2009), el género y la especie corresponden a los grupos taxonómicos  utilizados por los microbiólogos, dado que las reglas que rigen la nomenclatura microbiana se limita a estas dos denominaciones. Antes de explicar la nomenclatura microbiana, es necesario clarificar qué es especie y género.


                                                                         Imagen 1: Escala taxonómica 
Créditos: https://www.google.com/url?sa=i&url=https%3A%2F%2Fes.wikipedia.org%2Fwiki%2FCategor%25C3%25ADa_taxon%25C3%25B3mica&psig=AOvVaw3SwuWqu7myRtqqtI414N6r&ust=1645739607854000&source=images&cd=vfe&ved=2ahUKEwj11YL355b2AhUOKrkGHcQ4Dt8Qr4kDegUIARDIAQ


Especie y género.

La especie corresponde al  grupo taxonómico más elemental, Forbes (2009) la define, desde el punto de vista microbiológico, como una colección de cepas bacterianas que comparten características genéticas, fenotípicas (aunque causa muchas confusiones y falsos parentescos) y  fisiológicas, las que se diferencian notoriamente de otras especies bacterianas.

Además, se identifican subgrupos taxonómicos dentro de una especie, llamados subespecies y, existen grupos ubicados por debajo del nivel de subespecie que comparten características específicas,  las cuales se designan como biotipo, serotipo o genotipo.

Para Forbes (2009) el género corresponde al siguiente taxón más alto en la escala taxonómica (ver imagen 1)  y comprende especies diferentes que comparten varias características importantes, pero se pueden diferenciar  lo suficiente para mantener su estatus de especies individuales.

Nombremos microorganismos

                                                                        Créditos: Revista Investigación y Ciencia. 

Ahora bien, para nombrar a los microorganismos se utiliza un sistema de nomenclatura binomial “dos nombres”; a cada microorganismo se le otorga un nombre de género y otro de especie  los cuales derivan del latín o del griego. En otras palabras, cada microorganismo recibe un “nombre científico”, el cual se compone en un primer término del género, el cual la primera letra  se escribe con mayúscula y el segundo componente corresponde a la especie, la cual se escribe todo  con letra minúscula.

Como lo hace notar Arija (2012), el nombre científico (Género + epíteto específico) es exclusivo para individuos de  una especie; en tanto el género puede ser común a varias especies que están estrechamente emparentadas.

Género y especie deben utilizarse siempre de manera simultánea y se escriben en cursiva en la escritura impresa y  cuando se escriben manualmente deben ser subrayados. Por ejemplo los estreptococos  Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes; también es válido abreviar usando la primera letra mayúscula del género seguida por un punto (.) y el nombre completo de la especie (el que nunca se abrevia); por tanto el ejemplo abreviado seria: S. pneumoniae, S. pyogenes.

Para saber más visita: https://www.youtube.com/watch?v=JbilNLxpnWE

Cabe señalar que los nombres científicos de los microorganismos pueden cambiar, ya que el sistema de clasificación e identificación están en constante revisión; es así que una especie puede cambiar a otro género  o se le puede dar  el nombre de un género nuevo. Estos cambios están documentados en el International Journal for Systematic Bacteriology.

En el caso de existir los cambios antes citados,  se utiliza la designación del género nuevo, pero se continúa empleando la designación anterior entre paréntesis, tal es el caso de  Stenotrophomonas (Xanthomonas) maltophilia.

Arpajón et al. (2014) indican que actualmente no existe un manual especifico donde se agrupen todos los aspectos de gramática sobre los nombres de los microorganismos; sin embargo, en el Código Internacional de Nomenclatura Bacteriana  se encuentran directrices que deben ser consideradas a la hora de escribir correctamente el nombre de los microorganismos.

Sin embargo, la historia no termina acá...

Claros y Comín (2021) se preguntan ¿Qué hacer si microorganismos se nombran en latín y se acompañan de artículo? ¿Los Clostridium y las Bifidobacterium o Clostridium y los Bifidobacterium? Revisando la literatura, los científicos se ahorran la dificultad de preceder el nombre de una bacteria con un articulo y  solo se refieren a su nombre científico. Fernando  Navarro en su artículo “Problemas de género gramatical en medicina”, plantea que en el idioma español el artículo que acompaña a un nombre científico  de un microorganismo, como por ejemplo  una bacteria se asigna a partir del género en latín, donde el  femenino se conserva y el masculino o el neutro en latín corresponden en español al  género masculino. 

Sin embargo, existen excepciones a la regla, tal como plantean Claros y Comín (2021)¿Por qué en el segundo caso si en latín es de género neutro en castellano es femenino?  Con todo esto quién se atreve a elegir el género del artículo que acompaña al nombre científico.

(Con razón no colocan el artículo anteponiendo el nombre de las bacterias ¿o los bacterios? en los paper…) 

 

 

Fuentes:

Arija, Carmen M. (2012). Taxonomía, Sistemática y Nomenclatura, herramientas esenciales en Zoología y Veterinaria REDVET. Revista Electrónica de Veterinaria. 13(7).

Arpajón, Y., Rodríguez, M., Sosa, L. (2014). Habilidades lingüísticas sobre nomenclatura microbiana en profesionales de la salud. Educación Médica Superior. 28(2), 190-198.

Claros, M., Comín, P. (2021). Artículo definido y nombre científico de los seres vivos: la extraña pareja. Panace@, 22(53). https://www.tremedica.org/wp-content/uploads/panacea21-53_05_Terminologia_02_ClarosDiaz_CominSebastian.pdf

Forbes, B. (2009). Bailey  y Scott: Diagnostico microbiológico (12ª ed).  Cap. 1 Taxonomía microbiana.  Médica Panamericana

Navarro, F.  Problemas de género gramatical en medicina. Tomado de: http://ec.europa.eu/translation/bulletins/puntoycoma/42/navarro.htm

Osorio, C. (2021).  Nota histórica. Revista Chilena de Infectología. 38 (6),793-797


miércoles, 2 de febrero de 2022

UN GRAFICO PUEDE DECIR MUCHO Y NO DECIR NADA.

 

Un gráfico corresponde a una representación visual para mostrar datos complejos de una manera simple.  En esta entrada de blog, se analizan dos gráficos.  

Imagen 1: Gráfico tomado de un artículo del área de Educación.

¿Tiene un mensaje claro?

El mensaje es claro, el grafico entrega los resultados del análisis de libros de texto de Biología y Geología de 4º de la ESO (BG) y Ciencias para el mundo contemporáneo de 1º de bachillerato; no obstante, este mensaje no es bien transmitido.

¿Comunica bien el mensaje?

El mensaje no es bien comunicado, dado que la simbología de cada serie lleva a error (visualmente poco amigable), el título del eje X es ambiguo, los ejes no están delimitados y la escala del eje X es incorrecta.

En tanto, el título del grafico no es coherente con lo que representa, se indica  en el título que el grafico es el resultado de un análisis de libros de textos; sin embargo no comunica qué características presentan los libros tras el análisis (lo que esperaría encontrar en el eje X).

¿Es falaz  o se pueden considerar “buena gráfica”?

La grafica es falaz, no entrega los resultados de la investigación.

Tabla de análisis.

INDICADOR

Cumple totalmente

Cumple parcialmente

No cumple

Eje X horizontal en la base (variable independiente)

x

 

 

Eje Y vertical a la izquierda (variable dependiente)

x

 

 

Utiliza etiquetas correctas

 

 

x

Utiliza una escala correcta

 

 

x

Las series son proporcionales

x

 

 

Tamaño adecuado de la gráfica

x

 

 

Contiene un  título que describe lo que  ilustra el grafico  

x

 

 

Contiene  el título de la variable en cada eje.

x

 

 

Buena utilización del área de trazado y de grafico.

 

x

 

Uso de estímulos visuales (colores y formas)

 

x

 

 

Veamos otro gráfico

Imagen 2: Gráfico presentado en el  Periódico “El Mercurio”.

¿Tiene un mensaje claro?

Definitivamente, no.  ¿Pobreza por ingresos?  Los datos  dicen  mucho y no dicen nada.

El mensaje es más bien campaña política.

¿Comunica bien el mensaje?

No, de partida no existen ejes, ni datos, las series mal confeccionadas; es solo una manipulación de cifras.

¿Es falaz  o se pueden considerar “buena gráfica”?

Es totalmente falaz, no cabe mayor análisis.

 Tabla de análisis.

INDICADOR

Cumple totalmente

Cumple parcialmente

No cumple

Eje X horizontal en la base (variable independiente)

 

 

x

Eje Y vertical a la izquierda (variable dependiente)

 

 

x

Contiene etiquetas de datos

 

x

 

Utiliza una escala correcta

 

 

x

Las series son proporcionales

 

 

x

Tamaño adecuado de la gráfica

 

x

 

Contiene un  título que describe lo que  ilustra el grafico  

 

 

x

Contiene  el título de la variable en cada eje.

 

 

x

Buena utilización del área de trazado  y de gráfico.

 

 

X

Uso de estímulos visuales (colores y formas)

x

 

 


martes, 1 de febrero de 2022

TENER MÀS DE 50 CITAS EN TU ARTÍCULO Y QUE ESTEN CITADAS EN APA, YA ES CODICIA.

 

A partir del artículo: Anzures, M., Gaytán, M., Cuna, E. (2021). Algas extremófilas: estrategias de supervivencia y uso potencial. BioTecnología, 25(2),  se realiza el ejercicio propuesto (contar las citas presentes en cada sección IMRYD).   

Para cada estructura se obtuvo los siguientes resultados:

Sección

Número de citas

Número de paginas

Introducción

17

1

Métodos

0

Media pagina

Resultados y discusión

85

5

Conclusión

0

Media pagina

Anexo  (Tabla)

18

2

TOTAL  CITAS (contadas)

 

120

                              

 

TOTAL DE CITAS (REFERENCIAS)

59

¿Son muchas o  pocas referencias?

Contestaré con mi palabra favorita, DEPENDE ¿De qué depende? Del estado del arte.

En el caso del articulo revisado, llama la atención que el grueso de la bibliografía esté en la sección resultados y discusión, en desmedro de la introducción (que contiene el marco teórico), sección que presenta la revisión de la literatura.

En una revisión de las referencias del paper,  se reporta que solo cinco de estas no tienen más de cinco años de antigüedad, respecto de la fecha de publicación del artículo; inclusive, hay algunas citas que sobrepasan los 10 años, siendo que el tema de extremófilos es un  amplio campo  en  desarrollo.   

Complementando esta respuesta, Murillo y Martínez (2019) indican que deben incluirse las citas que se necesiten, pero sin excederse. Además, que las citas dan cuenta de quién escribe el texto, permitiendo reconocer si es un experto o es un investigador novel, entre otros aspectos.  

Y por último, estos autores reportan que el mayor número de citas están en artículos cuya metodología es cuantitativa, lo cual reafirmo, haciendo el ejercicio de comparación de dos artículos con la misma cantidad de páginas.

 


domingo, 23 de enero de 2022

GOOGOL: su historia y algo más.

 

Historia

Este motor de búsqueda surge en 1996 cuando Larry Page en su tesis de doctorado idea un sistema para ordenar las páginas web, utilizando el modelo de citación utilizado en el mundo académico; es así que surge PageRank, el algoritmo original de Google que permite rankear (ordenar) documentos.

A este proyecto de Page se une su amigo Sergey Brin, quien aporta la cuota matemática. En el primer test del programa creado, llamado Backrub, (el cual trata de descubrir todas las páginas enlazadas al backlinks de una página) lograron indexar 15 millones de páginas. 

Estos amigos lograron convertir la web en una ecuación gigantesca, el PageRank; esta ecuación lo que hace es simular el comportamiento de una persona que busca en la web; de forma simple es la posibilidad de que se llegue a una página siguiendo enlaces al azar.


                                                     Imagen 1: Historia de Google. 

¿Y su nombre?

Serendipia, la idea inicial era colocar el nombre de Googol (1100) pero por error, Page escribió Google al inscribir el dominio. Luego Brin creó el logo y la página de inicio del motor de búsqueda. Es así que el año 1998 comienza su funcionamiento oficialmente.

Algoritmo. 

¿Algoritmo? En palabras sencillas  son secuencias de instrucciones y pasos para resolver un problema; se caracterizan por ser precisos y  definidos. Hagamos el siguiente ejercicio: colocar una palabra el buscador de Google ¿Cómo ha decidido Google el orden de los resultados? mediante un algoritmo; este algoritmo es una ecuación matemática que hace posible rankear las búsquedas, imagínense la magnitud de esa ecuación, la cual  que debe integrar millones de variables en cada búsqueda.

                                                          Imagen 2: Fórmula de PageRank 

Para comprender el algoritmo de Google, es necesario recurrir a los grafos. Pero no se asusten con las Matemáticas, grafos hay en todo.  ¿Quién no vio en la escuela Genética y tuvo que construir un árbol genealógico?  O en su defecto, dibujar en Química orgánica un compuesto, ambos son ejemplos de grafos. 

¿Y dónde están los grafos en la computadora?

Los grafos son representados computacionalmente mediante una matriz de adyacencia.

Sea V = {v1 . . . v|V|} el conjunto de vértices del grafo G, y E el conjunto de sus aristas. La matriz de adyacencia será una matriz de tamaño |V| × |V|, donde la entrada (i, j) será ai, j = ( 1 si existe una arista de vi a vj, y  0 en otro caso. 


                                                                Imagen 3: Ejemplo de matriz. 

Imagen 4: Representación de un grafo al aplicar PageRank

ALGORITMOS DE GOOGLE

PageRank está conformado por una serie de algoritmos matemáticos  que permiten ordenar de forma numérica la relevancia de las diversas páginas web; al evaluar de manera numérica cada uno de los enlaces que nos direccionan a una página, y la suma de todas estas, entrega el PageRank. Esta medida comprende un intervalo que va del cero al diez.

Google  interpreta un link de una página web “X” a una página “Y” como si fuese “un punto” para  la “Y”, pero también tiene en cuenta cuál es la página web que da el “punto” o “backlink”.  Cada link que apunta hacia una página web  suma una cantidad numérica la que Google calcula obteniendo el PageRank.

Este cálculo, explicado de manera sencilla y resumida:

A partir del grafo de  una web, con por ejemplo 7 páginas, cada una de estas  está representada por un nodo. Los hipervínculos que las unen son  representados mediante las flechas que a su vez corresponden a vínculos  dirigidos.


                                                          Imagen 5: Grafo y sus siete nodos  

Se asignará un  1 cuando una página esté relacionada con otra. En el caso contrario se asigna 0. Además, cuando la página está relacionada con ella misma también se asigna 0  y se procede a  representar los datos mediante una matriz, luego se calculan los valores de un vector ऺ(v=ranking inicial) que represente el PageRank  de cada una de las páginas.

¿PageRank es el único algoritmo de Google?

PageRank es el principal, sin embargo existen:

Discovery es el algoritmo que rastrea la web para identificar nuevas páginas y sitios que Google no ha indexado previamente.  Este algoritmo busca URLs y las compara con las  URLs conocidas.

El algoritmo de rastreo  busca y comprende toda la web, solo rastreará una página, no evaluará la calidad del contenido.

Algoritmo de Indexación, determina si la URL se incluirá en el índice de Google.

Algoritmo de clasificación,  usa la información de los algoritmos anteriores a fin de clasificar a cada página (rankear) bajo parámetros como: intención de la consulta y cómo coincide con la intención del contenido, relevancia de la página para la consulta, calidad del contenido, usabilidad de la página, contexto y configuración.

 Un quinto algoritmo es el  procesamiento de lenguaje natural, denominado BERT.

Además destacan: Google Panda, Google Penguin, Google Hummingbird, Google Pigeon, Google Mobilegeddon y Google RankBrain.

 

Fuentes:

¿Cómo funcionan los algoritmos? https://ockier.es/blog/funcionamiento-algoritmos-google/

Capítulo 2: Grafos y algoritmos https://www.dm.uba.ar

Jerez, R. (2018). Análisis del PageRank como factor de peso en la clasificación automática de textos. Tesis PUCV. 

viernes, 21 de enero de 2022

MARATÒN DE DR. STONE: LO INVISIBLE DE LO VISIBLE

 

INTRODUCCIÒN

¿Quién no ha visto alguna vez animé? El que esté libre de pecado que lance la primera piedra. Series memorables: Detective Conan, Caballeros del Zodiaco, Evangelion, Demon Slayer, etc.  Y es que las mezclas de cultura, ciencia, tecnología y sociedad no dejan indiferente a nadie, independiente de la edad y el género, hay para todos los gustos.

Sin embargo, este escrito se referirá a Dr. Stone, serie que la autora ha estado viendo por capítulos.  Este animé centra su trama en que la humanidad fue petrificada y el protagonista de esta historia,  Senku,  un joven muy inteligente que antes de la petrificación participaba del  club de química de su escuela, es el encargado de reconstruir la civilización (obtener cada uno de los grandes hitos de la ciencia)  y despetrificar a la humanidad tras 3700 años desde este hecho.






Senku, manteniendo su conciencia y  la noción del tiempo logra despetrificarse y se apoya en su amigo Taiju a quien despetrifica. Para reconstruir la civilización que se conocía antes de la petrificación, Senku contaba con la Naturaleza, su creatividad, conocimientos, trabajo en equipo y un buen grado de serendipia y paciencia.

Es en este contexto que se plantea la siguiente pregunta ¿Qué detalle de la primera temporada de la  serie se ha  pasado por alto al verla por capítulos?

El objetivo de este peculiar ejercicio es analizar en una maratón todos los capítulos de la primera temporada  de Dr. Stone para verificar qué detalles no han sido considerados al ver los capítulos por separado.  

MÈTODO

Este es un estudio documental,  en el cual se lleva a cabo una maratón de la temporada 1 de la serie Dr. Stone. Se realiza un análisis de contenido a partir de un medio audiovisual y se enmarca en el Paradigma Fenomenológico.

Se dedica un día para revisar la serie y se anotan aquellos hechos que se han pasado por alto en visualizaciones anteriores.

RESULTADOS

 Tras analizar todos los capítulos de Dr. Stone, primera temporada, con el propósito de  verificar qué detalles no han sido considerados al ver los capítulos por separado, se reportan los siguientes resultados.

La genialidad de Senku al producir electricidad por inducción.

La petrificación no la concibo (ni siquiera a partir de un rayo).

La despetrificaciòn de materia orgánica a partir de ácido nítrico no la concibo (y que un ser humano mediante este método despierte intacto), se rescata que es correcto el color amarillo de la sustancia y su fuente de obtención.

Es fácil de hacer la bebida que siempre toma Senku; aparecen fórmulas y procedimientos químicos  correctos como por ejemplo  el de la de la pólvora negra (solo hacer el alcance que en la serie  se menciona que lo más importante en la obtención de la pólvora negra  es el Hierro; sin embargo es el nitrato de potasio y la compresión a utilizarse debe ser mayor).  

Llama la atención que Senku se divorcia en un tiempo record.

El ácido sulfúrico es el compuesto más importante de los que Senku utiliza (lo consigue de un volcán) y se ocupa para la síntesis de todos los químicos.

Se destaca que en todos los episodios se tiene particular cuidado para manipular los compuestos químicos se toman las medidas de precaución, se advierte de vapores y procedimientos mortales.

Los personajes exageran las virtudes y errores de la humanidad.


DISCUSIÒN

La serie Dr. Stone podría catalogarse como una joya del animé, dado que es una mezcla humanidad, Ciencia, Tecnología y una trama que entretiene.  Es recomendable para poder aprender de manera teórica y práctica las ciencias experimentales (teniendo los conocimientos básicos de cada disciplina).

Desde otro punto de vista, la ciencia que se muestra es humanizadora, cotidiana, da cuenta del trabajo en equipo, de la importancia del error y valores que para la sociedad son necesarios.

Por lo atractivo del personaje principal se corre el riesgo que un adolescente sin identidad pueda imitarlo,  quien a pesar de ser un genio, no escapa a la ficción; tal como ocurre con algunos seguidores de este género. El riesgo de este hecho  está en que algún joven quiera “experimentar” replicando escenas de la serie, las cuales son en extremo peligrosas, por eso es recomendable que esta serie sea parte de las clases de ciencias, en las cuales se analice cada hito del personaje.

En resumen, este animé es una reconstrucción histórica de los grandes hitos científicos y tecnológicos, no les cuento más y los invito a verlo. 







miércoles, 19 de enero de 2022

DESCUBRÌ VIDA EN MARTE… ¿Y?

 

Los invito a realizar el siguiente ejercicio. Supongamos que usted es un  científico, por ejemplo, un astrónomo y ha descubierto vida en Marte.  ¿Qué hace? Querer gritarlo al mundo.

¿Alternativas? : Compartir en sus redes sociales, ronda de prensa, llamar a sus colegas. Ninguna de las alternativas anteriores.  Sino publicas tu descubrimiento mediante un artículo científico (paper), tu descubrimiento no existe, no tiene el reconocimiento científico.

Un artículo científico está estructurado en 4 secciones: introducción, método, resultado y discusión (IMRYD) o IMRAD (por sus siglas en ingles). Responde a: ¿Qué se estudió? ¿Cómo se estudió? ¿Cuáles fueron los resultados? ¿Qué significan esos resultados?

He aquí  dos ejemplos de trabajos de investigación que los invito a revisar.

Pantoja, J.C., Covarrubias, P. (2013).  La enseñanza de la biología en el bachillerato a partir del aprendizaje basado en problemas (ABP). Perfiles Educativos. 35(139), 93-109. https://doi.org/10.1016/S0185-2698(13)71811-7

Esta investigación presenta la estructura IMRAD, con el alcance que los resultados y discusión se encuentran juntos y en otro apartado las conclusiones: resumen, palabras clave, abstract, keywords, introducción, método, resultados y discusión, conclusiones y referencias.

 Barreyro, J.P., Injoque-Ricle , I., Álvarez-Drexler, A.,  Formoso, J., Burin, D. (2017). Comprensión de textos expositivos: el rol de la memoria de trabajo y el conocimiento previo específico. Suma Psicológica. 24(1),  17-24. https://doi.org/10.1016/j.sumpsi.2016.09.002

Este artículo presenta claramente la estructura IMRAD: resumen, palabras clave, abstract, keywords, introducción, método, resultados, discusión y referencias.


Cabe señalar que esta estructura de artículo científico varía según el tipo de texto: trabajos de investigación, trabajos metodológicos, revisiones, cartas, estudios de caso, editoriales, etc.; además depende de la editorial donde se publique.